โรงเรียนบ้านคลองคุ้ยจัดการศึกษา 2 ระดับ  ได้แก่ ระดับก่อนประถมศึกษา (ปฐมวัย)  และระดับการศึกษาภาคบังคับ

1.  ระดับก่อนประถมศึกษา  จัดการศึกษาเพื่อเตรียมความพร้อมให้แก่เด็กที่มีอายุ 4 - 6 ปี ในเขตพื้นที่บริการทุกคน ให้ได้รับการพัฒนาทางด้านร่างกาย จิตใจ อารมณ์ สังคม และสติปัญญา  ตามช่วงวัยอย่างมีความสุขและเตรียมความพร้อมเพื่อเข้าเรียนในระดับการศึกษาภาคบังคับ ต่อไป

2.  ระดับการศึกษาภาคบังคับ  จัดการศึกษาให้กับเด็กในวัยเรียนที่มีอายุย่างเข้าปีที่ 7จนถึง 15 ปี ในเขตพื้นที่บริการทุกคนให้ได้เรียนในระดับประถมศึกษาจนถึงมัธยมศึกษาตอนต้นจนจบหลักสูตรภายในระยะเวลาที่กำหนด โดยมุ่งเน้นพัฒนาให้ผู้เรียนสามารถคิดเป็น ทำเป็น แก้ปัญหาเป็น มีนิสัยใฝ่รู้ใฝ่เรียน เคารพสิทธิของผู้อื่น มีจิตสำนึกของความเป็นไทย